Question

Почему окончания В.п. числительного оба(обе) в одних случаях совпадают с окончанием именительного, в других-родительного падежа

Answer 1

Потому что вопросы Винительного падежа:
Кого?( для одушевленных) и Что?(для неодушевленных)
Вопрос Кого? задается также и в Родительном падеже, а вопрос Что? в Именительном

Answer 2

Окончания винительного падежа числительного "оба" (мужского рода) и винительного падежа числительного "обе" (женского рода) соответствуют окончанию именительного падежа в множественном числе.

В случае с числительным "оба" окончание "-а" совпадает с окончанием именительного падежа во множественном числе (например, столы - оба стола). Это объясняется тем, что числительное "оба" используется для выражения количества или указания на всех предметах (двух предметах). Оно употребляется с именами существительными в мужском роду, во множественном числе и в форме именительного падежа.

В случае с числительным "обе" окончание "-е" также совпадает с окончанием именительного падежа во множественном числе (например, двери - обе двери). Аналогично числительному "оба", числительное "обе" используется для выражения количества или указания на всех предметах (двух предметах), но только с женскими именами существительными во множественном числе и в форме именительного падежа.

Таким образом, совпадение окончаний винительного падежа числительных "оба" и "обе" с окончанием именительного падежа во множественном числе объясняется их функцией указания на все предметы в данном числовом значении и использованием формы именительного падежа.