Question

Дядя Яков любовно настраивал гитару, а настроив, говорил одни и те же слова. Какое подлежащее? Точно не дядя Яков, а какое-то одно слово либо дядя, либо Яков (одно подлежащее, другое приложение).

Answer 1

Давайте определим, что является приложением.

Приложение обычно указывает на качество, свойство, национальность, возраст, профессию, социальное положение, родственные связи предмета.  

Т.е. приложение- это слово дядя,определение. Значит подлежащее-Яков.

Answer 2

Подлежащим в данном предложении является "одно слово". Формально, подлежащим всегда является существительное, обозначающее предмет или сущность, о которой идет речь в предложении. В данном контексте речь идет о "одном слове", которое является единственным подлежащим, а остальные слова ("дядя", "Яков", "гитару", "слова") играют роль других частей речи - существительных или дополнений.