Question

Почему в единственном числе в утвердительной форме пишется That is a flower, а во множественном числе Those are flowers?

Answer 1

That (это) is a flower, а во множественном числе Those (эти) are flowers.

Answer 2

Потому что that в переводе значит "тот", а those "те". 
В единственном числе к that добавляется помощник is (по правилу), а к those добавляется are.
а относительно окончания -s в слове flower, то оно (окончание) добавляется при множественном числе.